【ゲノム解析実務初級編のクイズに挑戦！】ゲノム解析実務初級編
検定作成者: けい
ゲノム解析に使うソフトやコマンドについての検定
ゲノム解析実務初級編のクイズ
「ゲノム解析実務初級編」に関するクイズを10問出題します。すべての問題に回答すると結果が表示されます。
1問目:
fastqデータの前処理で使われないソフトは？
TrimmomaticfastpFastqcGATK2問目:
ロングリード(ONT)のデータの前処理に使うソフトはどれ？
samtoolsFastqcporechopbcl2fastq3問目:
bamファイルから遺伝子ごとの発現量を算出するソフトは？
featurecountspicardtophattrinity4問目:
参考文献が無く、製作者のgithubページを引用する必要があるソフトは？
transdecoderTrinityFlyesamtools5問目:
RNAseqの発現比較で、R環境で統計解析や可視化を行うソフトはどれか
heatmapDEseq2stringtiemasuruca6問目:
リードカウントの正規化に用いられる手法はどれか
RPKM/FPKM/TPMBlastngsealefse7問目:
bwa(BWA-0.7.18 (r1243))のコマンドのうち、参照配列に配列をアラインする際のコマンドはどれ？
bwa indexbwa membwa alnbwa samp8問目:
ロングリードをアセンブルに使えないソフトはどれ？
unicyclercanuwenganabyss9問目:
GATKを使ってSNPやindelをコールするときのサブコマンドはどれ？
BaseRecalibratorHaplotypeCallerDepthOfCoverageVariantFiltration10問目: